| ID | JOS-13471767-6_295 |
| タイトル：カナ | セイタイ ブンシ ノ ブンシ ドウリキガク シミュレーション ニ オケル コウリツテキ ナ ジカン キザミ ノ ハンイ グリシン アラニン バリン ロイシン イソロイシン 3リョウタイ |
| 別タイトル | Effective Time Difference for Biological MD Simulation : Glycine, Alanine, Valine, Leucine and Isoleucine Trimer |
| 著者：名前 | |
| 著者：別形式 | Sato, Rei / Teramae, Hiroyuki / Ishimoto, Takayoshi / Nagashima, Umpei |
| 著者：カナ | |
| 著者：所属 | 城西大学理学部化学科 / 城西大学理学部化学科 / 産業技術総合研究所計算科学研究部門 / 産業技術総合研究所計算科学研究部門 |
| 著者：所属(別形式） | Josai University, Faculty of Science, Department of Chemistry / Josai University, Faculty of Science, Department of Chemistry / National Institute of Advanced Industrial Science and Technology, Research Institute for Computational Science / National Institute of Advanced Industrial Science and Technology, Research Institute for Computational Science |
| 著者版フラグ | publisher |
| 出版地 | 東京 |
| 出版者 | 日本コンピュータ化学会 |
| 出版者：カナ | ニホンコンピュータカガクカイ |
| 出版者：別名 | Society of Computer Chemistry, Japan |
| NCID | AA11657986 |
| 冊子ISSN | 13471767 |
| 電子ISSN | 13473824 |
| 掲載誌名 | |
| 巻 | 6 |
| 号 | 5 |
| 刊行年月 | 2007 |
| 開始ページ | 295 |
| 終了ページ | 300 |
| コンテンツ作成日 | 2007-06-18 |
| コンテンツ登録日 | 2007-09-05 |
| 識別番号：DOI | info:doi/10.2477/jccj.6.295 |
| 識別番号：DOI（リンク） | |
| 抄録 | 分子動力学シミュレーションを行うとき、時間刻みをどの程度まで大きく取ることができるのか、その許容範囲について調べた。積分方法はベルレ法を用い、時間刻み幅を0.02フェムト秒(fs)から3.0 fs まで増大させた。5種類のアミノ酸（Glycine, Alanine, Valine, Leucine, Isoleucine ）3量体を計算対象とした。基準時間刻み(0.02 fs)とその他の時間刻みについてのエネルギー差の平均値は、時間刻み幅のほぼ2乗で増加するが、標準偏差は時間刻み0.5 fsから1.5 fsまではほとんど差がみられなかった。つまり、この範囲内ではどの時間刻みでシミュレーションを行ってもあまり差がない。ゆえに、今回の例の場合、時間刻み1.5 fs付近でシミュレーションを行うのが時間短縮の面から効果的である事が示唆された。 / In order to perform an efficient MD simulation for the biosystem, the energy error was investigated changing Δt from 0.02 fs to 3.0 fs for 5 kinds of the amino acid trimers using the Verlet method for integration. Average error is increased proportionally as the square of Δt in this case From 0.5 fs to 1.5 fs, the average error and its standard deviation were almost the same in this case whereas the errors rapidly increased in the range from 0.02 fs to 0.5 fs. No strong difference was observed between 5 amino acid trimers cases, but error accumulated as molecular size increased. |
| キーワード | |
| 注記 | Copyrightは日本コンピュータ化学会。出版社版を学会より入手。 |
| 言語 | jpn |
| 資源タイプ | text |
| ジャンル | |
| フォーマット | application/pdf |
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